r - 使用 ape 包在 R 中进行标签和色叶树状图(系统发育)

Question

继上一篇文章 ( Label and color leaf dendrogram in r ) 之后，我有一个后续问题。

我的问题与提到的帖子类似，但我想知道是否可以使用 ape 来完成(例如， plot(as.phylo(fit), type="fan", labelCol) 因为它有更多类型的系统发育。

提到的帖子问题是:

• 如何在叶标签中显示组代码(而不是样本编号)？

• 我希望为每个代码组分配一种颜色，并根据它为叶子标签着色(它们可能不属于同一分支，这样我就可以找到更多信息)？

代码示例是:

sample = data.frame(matrix(floor(abs(rnorm(20000)*100)),ncol=200))
groupCodes <- c(rep("A",25), rep("B",25), rep("C",25), rep("D",25))

## make unique rownames (equal rownames are not allowed)
rownames(sample) <- make.unique(groupCodes)

colorCodes <- c(A="red", B="green", C="blue", D="yellow")


## perform clustering
distSamples <- dist(sample)
hc <- hclust(distSamples)

## function to set label color
labelCol <- function(x) {
  if (is.leaf(x)) {
    ## fetch label
    label <- attr(x, "label")
    code <- substr(label, 1, 1)
    ## use the following line to reset the label to one letter code
    # attr(x, "label") <- code
    attr(x, "nodePar") <- list(lab.col=colorCodes[code])
  }
  return(x)
}

## apply labelCol on all nodes of the dendrogram
d <- dendrapply(as.dendrogram(hc), labelCol)

plot(d)

Answer 1

看看？“plot.phylo”:

library("ape")
plot(as.phylo(hc), tip.color=colorCodes[substr(rownames(sample), 1, 1)], type="fan")