r - 如何标记切割树状图的终端节点？

Question

我使用以下代码在特定高度切割树状图。我遇到的问题是，当我切割树状图时，我不知道如何向节点添加标签。如何用标签切割树状图使用R程序？

library(Heatplus)
cc=as.dendrogram(hclust(as.dist(mat),method="single"))
cutplot.dendrogram(cc,h=20)

Answer 1

在对 ?dendrogram 的帮助文档进行了大量挖掘之后，我偶然发现了dendrapply包含一个例子的函数来做一些非常相似的事情。这是您的解决方案，基于对 ?dendrapply 中示例的修改:

创建树状图并在高度处切割 h=20 :

dhc <- as.dendrogram(hc <- hclust(dist(USArrests), "ave"))
chc <- cut(dhc, h=20)$upper

使用 newLabels 定义一个向量和一个函数 newLab修改单个节点标签。然后将此传递给 dendrapply :

newLabels <- paste("Custom", 1:22, sep="_")

local({
      newLab <<- function(n) {
        if(is.leaf(n)) {
          a <- attributes(n)
          i <<- i+1
          attr(n, "label") <- newLabels[i]
        }
        n
      }
      i <- 0
    })

nhc <- dendrapply(chc, newLab)
labels(nhc)
 [1] "Custom_1"  "Custom_2"  "Custom_3"  "Custom_4"  "Custom_5"  "Custom_6" 
 [7] "Custom_7"  "Custom_8"  "Custom_9"  "Custom_10" "Custom_11" "Custom_12"
[13] "Custom_13" "Custom_14" "Custom_15" "Custom_16" "Custom_17" "Custom_18"
[19] "Custom_19" "Custom_20" "Custom_21" "Custom_22"

plot(nhc)