如何将树(这是我的 Java 程序的输出)转换为 R 中的树状图？
目前，我正在使用给定的建议 here 将树转换为 Newick 格式。 .然后我使用 ape R 中的包以读取 Newick 格式的树:
library("ape")
cPhylo <- read.tree(file = "gc.tree")
最后我使用
as.hclust在 R 中将树转换为树状图:dendrogram <- as.hclust(gcPhylo)
但是，树状图需要分支长度。尽管我插入了分支长度，但我收到一条错误消息，指出该树不是超度量的:
Error in as.hclust.phylo(gcPhylo) : the tree is not ultrametric
我想我在插入分支长度时做错了什么。
我还有其他方法可以遵循吗？或者如何在将树转换为 Newick 格式时插入分支长度？相等的分支长度就可以了。
最佳答案
这是一个古老的问题，但到目前为止还没有足够的答案。由于我遇到了同样的问题，而且我的 googlefoo 在寻找答案时遇到了问题，所以你去吧:
library("ape")
cPhylo <- read.tree(file = "gc.tree")
dendrogram <- chronos(cPhylo)
关于r - 如何在R中将树转换为树状图？，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/7445684/