snakemake - 在snakemake中使用awk时出现NameError

Question

首先，这是一个测试示例(Snakefile):

rule test:
    input:"path/file1", "path/file2"
    output:"path/file3"
    shell:
        """
        awk 'NR==FNR{score[$3]=$5;next}{{sum=0}for(i=$2;i<=$3;i++){sum+=score[i]}printf "%-10s\\t%-10s\\n",sum,$4}' {input[0]} {input[1]} >> {output}
        """

当我运行此脚本时，它返回NameError:在此上下文中名称“score”未知。请确保您定义了该变量。另请注意，不用于变量访问的大括号必须通过重复进行转义，即 {{print $1}}，我尝试过 {score} 或复制 {}，但都不起作用。所以，我想知道如何解决这个问题。谢谢。

Answer 1

这是因为snakemake尝试格式化文本并将变量放入字符串中。因为例如Score 是脚本的一部分，snakemake 无法推断它属于哪个变量并且崩溃。要避免此行为，请使用双大括号:{{score[$3]}}。就像您的规则中那样，使用多个大括号会变得相当难看

rule test:
    input:"path/file1", "path/file2"
    output:"path/file3"
    shell:
        """
        awk 'NR==FNR{{score[$3]=$5;next}}{{{{sum=0}}for(i=$2;i<=$3;i++){{sum+=score[i]}}printf "%-10s\\t%-10s\\n",sum,$4}}' {input[0]} {input[1]} >> {output}
        """

(我希望我没有错过任何内容，但我想你明白了)