snakemake - 如何定位包含通配符的中间 Snakemake 规则

Question

我有一个工作流程，对于这个问题非常简化，如下所示:

rule all:
    input: multiext("final",".a",".b",".c",".d")

rule final_cheap:
    input: "intermediary.{ext}"
    output: "final.{ext}"
    #dummy for cheap but complicated operation
    shell: "cp {input} {output}"

rule intermediary_cheap:
    input: "start.{ext}"
    output: "intermediary.{ext}"
    #dummy for cheap complicated operation
    shell: "cp {input} {output}" 

rule start_expensive:
    output: "start.{ext}"
    #dummy for very expensive operation
    shell: "touch {output}" 

第一步的成本非常高，接下来的两个步骤也很复杂。

在使用 snakemake -c1 运行此工作流程一次后，我想重新运行该工作流程，但只是从中间规则开始。如何使用命令行标志实现此目标？

snakemake intermediary_cheap all 不起作用，因为 intermediary_cheap 包含通配符，即使包含 all 确实显示了所需通配符的值。

是否有一个命令行标志告诉snakemake运行规则并忽略规则intermediary_cheap的所有输出，例如snakemake all --forcerule=intermediary_cheap？ (我发明了 --forcerule 标志，据我所知它并不存在。

我现在使用的解决方法是手动删除规则 intermediary_cheap 的输出，然后使用 --force 强制执行规则，然后运行 ​​rule all，它注意到一些上游输入已更改。但这需要了解所生成的精确文件名，而仅了解规则会更好，因为它处于更高的抽象级别。

Answer 1

我以前没有使用过它，但我想你想要:

snakemake -c 1 --forcerun intermediary_cheap

  --forcerun [TARGET [TARGET ...]], -R [TARGET [TARGET ...]]
                        Force the re-execution or creation of the given rules
                        or files. Use this option if you changed a rule and
                        want to have all its output in your workflow updated.
                        (default: None)