python - Snakemake 通配符仅在输出中

Question

我有一个脚本，它需要一个大的输入文件，然后使用不可预测的算法将其分解为从 1 到 n 的多个 block 。

然后以下脚本将迭代处理每个 block 。

我怎样才能创建一个snakemake规则，它本质上声明输出文件将从1到n存在，并且应该为1到n个输入文件中的每一个运行一次以下脚本。

谢谢!

Answer 1

有动态 keyword 。可以这样使用:

rule all:
    input:
        dynamic('{id}.png')


rule draw:
    input:
        '{id}.txt'
    output:
        '{id}.png'
    shell:
        'cp {input} {output}'


rule cluster:
    input:
        'input.csv'
    output:
        dynamic('{id}.txt')
    shell:
        'touch 1.txt 2.txt'