r - 通过列循环过滤以返回包含所有列的列表，每个列包含符合过滤条件的相应行名

Question

我有一个名为“df”的数据框，由 181 列和 22,819 行组成，所有数据均为二进制形式(即 0、1)。对于数据框的每一列，此处的对象涉及选择值为“1”的那些行并将其存储到列表中。最后，我希望得到一个包含所有“df”列的列表，每个列都包含给定列的值为“1”的行名。我知道有几种方法可以解决这个问题，但是由于我对 for 循环和 apply 函数族的经验还为时过早，我想请求一些可以实际执行上述任务的代码行。

这是数据的摘录:

View(df)

GeneSym ARID3A ATF1 ATF2 ATF3 BACH1 BATF  .  .  .
A1BG       1    0    1    0     0    0     
A1CF       1    0    1    1     1    1     
A2M        0    1    0    0     1    1      
AA06       0    1    1    0     0    1     
AAA1       0    1    0    0     0    1   
.
.
.  

我想获得以下数据框/矩阵(无论适用):

TransFac  1       2       3       4     .   .   .
ARID3A    A1BG    A1CF 
ATF1      A2M     AA06    AAA1
ATF2      A1BG    A1CF    AA06
ATF3      A1CF
BACH1     A1CF    A2M     
BATF      A1CF    A2M     AA06    AAA1
.
.
.

很抱歉没有提供我的几次尝试来解决这个问题，他们太尴尬了，无法分享。我使用“any_vars”和“all_vars”参数尝试了 filter_all 函数，但生成的数据帧要么包含所有未过滤的数据(在“any_vars”的情况下)，要么根本不包含任何数据(在“all_vars”的情况下)。

Answer 1

这是一 strip 你到达那里的单线:

lapply(df[, -1], function(x) df$GeneSym[x == 1])

# $ARID3A
# [1] "A1BG" "A1CF"
# 
# $ATF1
# [1] "A2M"  "AA06" "AAA1"
# 
# $ATF2
# [1] "A1BG" "A1CF" "AA06"
# 
# $ATF3
# [1] "A1CF"
# 
# $BACH1
# [1] "A1CF" "A2M" 
# 
# $BATF
# [1] "A1CF" "A2M"  "AA06" "AAA1"

粗略地翻译为:对于除第一列以外的所有列，找到 GeneSym 的值，其中该行等于 1。

如果您想要data.frame 或tibble 结果，您可能需要考虑tidyverse:

library(tidyverse)
lapply(df[, -1], function(x) df$GeneSym[x == 1]) %>%
    enframe() %>%
    unnest() %>%
    group_by(name) %>%
    mutate(i = row_number()) %>%
    spread(i, value)

# # A tibble: 6 x 5
# # Groups:   name [6]
#   name   `1`   `2`   `3`   `4`  
#   <chr>  <chr> <chr> <chr> <chr>
# 1 ARID3A A1BG  A1CF  NA    NA   
# 2 ATF1   A2M   AA06  AAA1  NA   
# 3 ATF2   A1BG  A1CF  AA06  NA   
# 4 ATF3   A1CF  NA    NA    NA   
# 5 BACH1  A1CF  A2M   NA    NA   
# 6 BATF   A1CF  A2M   AA06  AAA1