我有一个生成大量文件的工作流程，其中大多数不是任何规则的输出(它们是中间结果)。我希望可以选择在工作流程完成后删除所有不是任何规则输出的内容。这对于归档很有用。
目前，我发现做到这一点的唯一方法是将所有规则的所有输出定义为 protected ，然后运行snakemake --delete-all-output。两个问题:
1. 这是可行的方法，还是有更好的解决方案？
2. 有没有办法自动将所有输出定义为 protected ，或者我是否必须遍历整个代码并用 protected() 包装所有输出？
谢谢!
最佳答案
也许选项 --list-untracked有帮助吗？
--list-untracked, --lu
List all files in the working directory that are not
used in the workflow. This can be used e.g. for
identifying leftover files. Hidden files and
directories are ignored.
关于Snakemake - 删除工作流程生成的所有非输出文件，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/60964823/