python - str.maketrans 在交互式 python 中可用，但在 python 脚本中不可用？

Question

我正在编写的代码应该找到 DNA 正向和反向互补链上基因序列的所有开放阅读框 (orfs)。为了制作 DNA 的反向链，我打算使用 str.maketrans() 将互补碱基映射到彼此。

#!/usr/bin/env python3.3

import re
import sys
from argparse import ArgumentParser

pattern = re.compile(r'(?=(ATG(?:...)*?)(?=TAG|TGA|TAA))')

dna_seq = 'ATGACGGCTTGTTTCTTTTCTGTGGCTGCGTGA'

    def find_orfs(dna_seq):
        """
        finds all possible open reading frames (orfs)

        :param dna_seq: str, dna sequence
        :return: list, possible open reading frames
        """

        r_comp = dna_seq[::-1].translate(str.maketrans("ATGC","TACG"))
        return list(pattern.findall(dna) + pattern.findall(r_comp))

当我在解释器中运行它时，它起作用了!它返回正确的答案:

['ATGACGGCTTGTTTCTTTTCTGTGGCTGCG']

当我将其作为脚本(版本 3.3)运行时，我收到 AttributeError!

AttributeError: type object 'str' has no attribute 'maketrans'

但是当我在解释器(版本 3.3)中 dir(str) 时，我看到了 maketrans!什么给了!？

在阅读了对 bytes.maketrans() 的更改后，我尝试了此操作，但没有成功。我该怎么做才能在 python3.3 中获得与 maketrans() 相同的功能？

Answer 1

您的 shebang 行似乎返回了 2.7.x 版本的 python 解释器。如果您不担心，可以使用 #!/usr/local/bin/python3.3 指定直接路径(更改路径以适合解释器的位置)以使其正常工作可移植性(允许其他用户使用您的文件)。有关 #!/usr/bin/env python 与 #!/usr/local/bin/python 之间差异的文章，您可以 look here 。基本上，前者将使用首先出现在环境的 $PATH 上的解释器，在您的情况下是 python2.7。

编辑

OP 使用 shell 使用以下命令运行脚本:python myscript.py。这使用默认解释器(在他们的例子中是 2.7)，它不识别 maketrans 方法。使用 python3.3 myscript.py 运行脚本解决了问题。