我对生物信息学还很陌生，我正在尝试解压缩 fastq.gz 文件以将其转换为 .bam(我稍后尝试使用 DESeq2 分析该转录组数据)。 我刚开始使用 Jupyter 笔记本解压缩文件，但无法完成 - 这是我正在使用的命令行和错误:
In [2] gzip -d /Users/mfp/RNAdata/transcriptome-mcgirr/SRR11476490/CAE4_S34_R1_001.fastq.gz
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NameError Traceback (most recent call last)
Input In [2], in <cell line: 1>()
----> 1 gzip -d /Users/mfp/RNAdata/transcriptome-mcgirr/SRR11476490/CAE4_S34_R1_001.fastq.gz
NameError: name 'd' is not defined
知道我做错了什么吗？ (老实说，它可以是一切)。
最佳答案
您应该在命令前使用 !gzip -d/Users/mfp/RNAdata/transcriptome-mcgirr/SRR11476490/CAE4_S34_R1_001.fastq.gz 以及 ! 。 gzip 是您的发行版提供的二进制可执行文件，您通常从 shell 或命令行调用它。 Jupyter 的默认行为是将命令解析为 python 语句。由于您的命令不是有效的 python 语句，因此出现错误。
当您在命令前加上 ! 前缀时，它会被传递到操作系统的 shell，这正是您最初想要的。
您可以阅读文档here .
关于python - 尝试使用 gzip 解压缩文件但错误 : "name ' d' is not defined"，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/72580605/