我想为我工作的实验室创建一个带有 Web 前端的 rRNA 序列数据库。在生物学中，使用 BLAST 和 HMMER 等比对算法搜索大量序列似乎很常见，所以我想知道是否有任何现有的 php/python/rails 项目允许使用网站搜索表单轻松创建通用序列数据库？
最佳答案
少一些准系统是 http://gmod.org/ - 最简单的安装应该给你一个爆炸形式和一个“序列浏览器”界面。 不知道是否有 hmmer 形式......
(扩展性很好——从简单的 sqlite 到真实的数据库)
或者，您可能想查看 galaxy 服务器。 http://main.g2.bx.psu.edu/
它的首要目标是让非计算人员可以轻松进行复杂的基因组查询，但我不知道它是否开箱即用
干杯， 亚尼克
更新 - 部分受到这篇文章的启发，我们正在开发 simple local blast server作为易于部署的 alternative to wwwblast .在 http://www.sequenceserver.com 进行的工作.演示服务器可让您 BLAST ant genomes .
关于database - 是否有用于创建具有网站前端的通用 DNA 序列数据库的现有解决方案？，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/1890285/