我正在尝试使用微阵列列的层次聚类(来自单个微阵列重复的结果)和 PCA 来分析微阵列数据。
我是 python 的新手。我有 python 2.7.3、biopyhton、numpy、matplotlib 和 networkx。
我可以使用 python 或 biopython 中的函数(类似于 MATLAB 的 clustergram 和 mapcaplot)来执行此操作吗？
最佳答案
Python 非常适合神经科学，恭喜您的选择。有时资源比 Matlab 更难找到，但它们是免费的，您会找到一个活跃的社区和大量支持。
一个好的起点是 Neuroimaging in Python项目及其子项目，例如 nitime。我建议订阅邮件列表并在邮件列表中询问，他们真的很聪明并且乐于提供帮助。
对于 PCA，您也可以尝试 Modular Toolkit for Dataprocessing in Python ，一个不错的数据处理算法库。
对于一般的集群，我推荐 Scipy Clustering .
喂， 托斯滕
关于python - 微阵列层次聚类和 PCA 与 python，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/14191487/