ruby-on-rails - 您如何将Ruby on Rails用于科学(如果适用)?

标签 ruby-on-rails bioinformatics

我们从事系统生物学方面的研究。我们更喜欢使用现有的数据集,因为收集新的生物学数据非常昂贵。因此,我们编写的许多脚本只不过是将一个数据集转换为另一个数据集而已。

最终,我们将结果发布到网上-越来越多的期刊都要求这种事情。

因此,对于我的项目尝试使用Rails并不是很大的飞跃。我可以设置容易重现的实验,通过数据库表逐步转换数据(例如使用rake),并使用flotomatic和gnuplot等gem显示结果。如果我需要快速运行的东西,甚至可以使用Rice在C++中编写自定义gem,或者使用starlingworkling并行化。

最终,我开始怀疑是否有人在使用Rails进行生物信息学或一般的科学研究。

我想:“如果我是科学研究中的Rails gem ,那我该怎么办?”

这样的 gem 还有什么额外的功能?也许是将迁移改编成可耙的管道?也许更高级的图形功能?内置后台作业?

最佳答案

有关生物信息学,请参见http://bioruby.org

关于ruby-on-rails - 您如何将Ruby on Rails用于科学(如果适用)?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/3570524/

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