python - 在 for 循环中直接调用 SeqIO.parse() 可以，但是事先单独使用它不行吗？为什么？

Question

在 python 中，我直接调用函数 SeqIO.parse() 的这段代码运行良好:

from Bio import SeqIO
a = SeqIO.parse("a.fasta", "fasta")
records = list(a)

for asq in SeqIO.parse("a.fasta", "fasta"):
    print("Q")

但是，我首先将 SeqIO.parse() 的输出存储在一个名为 a 的变量(？)中，然后尝试在我的循环中使用它，它不会运行:

from Bio import SeqIO
a = SeqIO.parse("a.fasta", "fasta")
records = list(a)

for asq in a:
    print("Q")

这是因为函数 || 的输出吗？ SeqIO.parse("a.fasta", "fasta") ||与我直接调用它时存储在“a”中的方式不同吗？ 这里的'a'到底是什么身份。它是一个变量吗？它是一个对象吗？该函数实际返回什么？

Answer 1

SeqIO.parse() 返回一个普通的 python 生成器。 Biopython 模块的这一部分是用纯 python 编写的:

>>> from Bio import SeqIO
>>> a = SeqIO.parse("a.fasta", "fasta")
>>> type(a)
<class 'generator'>

一旦生成器被迭代，它就会像您发现的那样耗尽。你不能倒带生成器，但你可以将内容存储在 list 或 dict 中，如果你不介意将它们全部放在内存中(如果你需要随机访问则很有用).您可以使用 SeqIO.to_dict(a) 将记录 ID 作为键，将序列作为值存储在字典中。当然，只需重新构建生成器调用 SeqIO.parse() 即可避免将文件内容转储到内存中。