我通过 ggplot 使用 geom_raster 绘制 52 x 52 矩阵。
代码在这里:
m <- NULL
for(i in 1:nrow(df)){
for(z in 1:nrow(df)){
if(df[i,][4] > df[z,][4]){m<-c(m,((df[i,][[4]]/df[z,][[4]])*100)-100)}
if(df[i,][4] < df[z,][4]){m<-c(m,((df[z,][[4]]/df[i,][[4]])*100)-100)}
if(df[i,][4] == df[z,][4]){m<-c(m,0.0)}}}
m <- matrix(m,nrow=nrow(df))
colnames(m) <- df$PDB
rownames(m) <- df$PDB
p1 <- ggplot(melt(m),aes(Var1,Var2,fill=value)) + geom_raster() + labs(x="PDB",y="PDB")
p1 <- p1 + theme(axis.text.x = element_text(angle=90,hjust=1))
print(p1)
ggsave(file="ccs_diff_ehss.pdf")
我遇到的问题是，当我保存文件时，我得到以下输出:
通过文件>另存为>:
通过 ggsave:
print(p1) 的输出:
正如您所见，print(p1) 的输出比 ggsave 和手动保存要清晰得多。如何保存 print(p1) 输出的图像？
这是我的矩阵的子集:
1a29 1cll 1clm 1cm1 1exr 1g4y 1iq5 1lin 1mxe1 1mxe2
1a29 0.000000 18.8967136 19.0727700 3.814554 20.539906 19.3075117 9.330986 1.584507 5.6924883 5.8098592
1cll 18.896714 0.0000000 0.1480750 14.527982 1.382034 0.3455084 8.749329 17.042172 12.4930594 12.3682751
1clm 19.072770 0.1480750 0.0000000 14.697569 1.232134 0.1971414 8.910360 17.215482 12.6596335 12.5346644
1cm1 3.814554 14.5279819 14.6975692 0.000000 16.110797 14.9236857 5.313737 2.195263 1.8089316 1.9219898
1exr 20.539906 1.3820336 1.2321341 16.110797 0.000000 1.0329562 10.252281 18.659734 14.0477512 13.9212424
1g4y 19.307512 0.3455084 0.1971414 14.923686 1.032956 0.0000000 9.125067 17.446563 12.8817324 12.7565169
1iq5 9.330986 8.7493290 8.9103596 5.313737 10.252281 9.1250671 0.000000 7.625650 3.4425319 3.3277870
1lin 1.584507 17.0421722 17.2154824 2.195263 18.659734 17.4465627 7.625650 0.000000 4.0439053 4.1594454
1mxe1 5.692488 12.4930594 12.6596335 1.808932 14.047751 12.8817324 3.442532 4.043905 0.0000000 0.1110494
1mxe2 5.809859 12.3682751 12.5346644 1.921990 13.921242 12.7565169 3.327787 4.159445 0.1110494 0.0000000
最佳答案
我意识到这是一个较旧的线程，但看起来每月大约有 7 次浏览。也许这会对那些访问者有所帮助:
图像查看器应用程序本身可能正在应用平滑算法。我在尝试解决相同问题时遇到了您的帖子，最终发现我需要关闭 PDF 查看器首选项中的平滑功能。现在输出文件看起来与 R 中的绘图相同。
这是给我提示的帖子(包括一些关于在哪里找到设置的额外说明)。 https://groups.google.com/forum/#!topic/ggplot2/8VLuo1cw6SE
关于r - ggplot2 未正确保存 geom_raster() 绘图，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/20474437/