r - 使用 rjags 定义条件线性高斯网络

Question

我正在努力使用rjags定义条件线性高斯贝叶斯网络。 (clg BN 由具有连续法线和离散父节点(预测变量)的连续子节点(结果)定义)

对于下面的网络，A 是离散的，D 和 E 是连续的:

对于rjags模型，我想我想要的是在值节点A上定义节点E的参数:伪代码

model {  
  A ~ dcat(c(0.0948, 0.9052 ))
  D ~ dnorm(11.87054, 1/1.503111^2)

  if A==a then E ~ dnorm(6.558366 + 1.180965*D, 1/2.960002^2) 
  if A==b then E ~ dnorm(3.370021 + 1.532289*D, 1/6.554402^2)   
}

我可以通过使用下面的代码来完成一些工作，但是随着更多的预测变量和分类级别的出现，它很快就会变得困惑。

library(rjags)

model <- textConnection("model {  
  A ~ dcat(c(0.0948, 0.9052 ))
  D ~ dnorm(11.87054, 1/1.503111^2)

  int = 6.558366 - (A==2)*(6.558366 - 3.370021) 
  slope = 1.180965 - (A==2)*(1.180965 - 1.532289)
  sig = 2.960002 - (A==2)*(2.960002 - 6.554402)

  E ~ dnorm(int + slope*D, 1/sig^2) 
}")

jg <- jags.model(model, n.adapt = 1000

My question: How can i define this model succinctly please?

数据来自

library(bnlearn)
net = model2network("[A][D][E|A:D]")
ft = bn.fit(net, clgaussian.test[c("A", "D", "E")])

coef(ft) 
structure(list(A = structure(c(0.0948, 0.9052), class = "table", .Dim = 2L, .Dimnames = list(
    c("a", "b"))), D = structure(11.8705363469396, .Names = "(Intercept)"), 
    E = structure(c(6.55836552742708, 1.18096500477159, 3.37002124328838, 
    1.53228891423418), .Dim = c(2L, 2L), .Dimnames = list(c("(Intercept)", 
    "D"), c("0", "1")))), .Names = c("A", "D", "E"))

sigma(ft)
structure(list(A = NA, D = 1.50311121682603, E = structure(c(2.96000206596326, 
6.55440224877698), .Names = c("0", "1"))), .Names = c("A", "D", 
"E"))

Answer 1

您只需使用变量 A 作为索引参数:

library('rjags')

model <- "
model {  
  A ~ dcat(c(0.0948, 0.9052 ))
  D ~ dnorm(11.87054, 1/1.503111^2)

  ints <- c(6.558366, 3.370021)
  int <- ints[A]
  slopes <- c(1.180965, 1.532289)
  slope <- slopes[A]
  sigs <- c(2.960002, 6.554402)
  sig <- sigs[A]

  E ~ dnorm(int + slope*D, 1/sig^2) 
}
"

jg <- jags.model(textConnection(model), n.adapt = 1000)

顺便说一句，由于模型中有很多固定量，因此在 R 中定义这些量然后将它们作为数据传递给 JAGS 可能更有意义。通过这种方式，您可以调整向量的值和长度(只要 catprobs、ints、slopes 和 sigs 的长度匹配)，而无需修改 JAGS 代码。例如(为了方便而使用 runjags，尽管也可以使用 jag):

library("runjags")

model <- "
model {  
  A ~ dcat(catprobs)
  D ~ dnorm(Dmu, Dprec)

  int <- ints[A]
  slope <- slopes[A]
  sig <- sigs[A]

  E ~ dnorm(int + slope*D, 1/sig^2) 

  #data# catprobs, Dmu, Dprec, ints, slopes, sigs
  #monitor# A, D, E
}
"

catprobs <- c(0.0948, 0.9052)
Dmu <- 11.87054
Dprec <- 1/1.503111^2
ints <- c(6.558366, 3.370021)
slopes <- c(1.180965, 1.532289)
sigs <- c(2.960002, 6.554402)

results <- run.jags(model)
results

马特