r - bnlearn 包 R 中的 NA/NaN 值

Question

我正在 R 中使用 bnlearn 包来处理贝叶斯网络中的大量数据。这些变量是离散的，并且有超过 300 万个观测值。 使用 bn.fit 函数我可以轻松获得条件概率分布。然而，有些变量具有未观察到的值(即 NA 或 NaN)。

在一些测试中，我得到了这个:

nw.fit <-bn.fit (nw, date, method = 'bayes') 

Error in check.data (date): the data set contains NULL/NaN/NA values​​. 

所以， 我如何处理数据并获得条件概率分布？

有人可以帮助我吗？

谢谢!

Answer 1

catnet包可以处理缺失数据，专为离散数据而设计

您可以使用 cnProb(bnet,which) 获得条件概率

这是一个例子

rm(list=ls())

### generate random data (not simply independent binomials)
set.seed(123)
n.obs <- 10
a1 <- rbinom(n.obs,1,.3)
a2 <- runif(n.obs)
a3 <- floor(-3*log(.25+3*a2/4))
a3[a3>=2] <- NA
a2 <- floor(2*a2)
my.data <- data.frame(a1,a2,a3 )
### discretize data into proper categories
my.data <- cnDiscretize(my.data,numCategories=2)

my.data
##    a1 a2 a3
## 1   1  2  1
## 2   2  1  2
## 3   1  2  1
## 4   2  2  2
## 5   2  1 NA
## 6   1  2  1
## 7   1  1 NA
## 8   2  1 NA
## 9   1  1 NA
## 10  1  2  1

## say we want a2 conditional on a1,a3

## first generate a network with a1,a3 ->a2
cnet <- cnNew(
          nodes = c("a1", "a2", "a3"),
          cats = list(c("1","2"), c("1","2"), c("1","2")),
          parents = list(NULL, c(1,3), NULL)
          )


## set the empirical probabilities from data=my.data
cnet2 <- cnSetProb(cnet,data=my.data)

## to get the conditional probability table
cnProb(cnet2,which='a2')

##$a2
##         a1        a3         0         1
## A 0.0000000 0.0000000 0.0000000 1.0000000
## B 0.0000000 1.0000000 0.5712826 0.4287174
## A 1.0000000 0.0000000 0.0000000 1.0000000
## B 1.0000000 1.0000000 0.5685786 0.4314214