我有来自 Illumina Hiseq 的单次读取 fastq，我想使用 biopython (或其他)生成反向。 我只能找到有关如何使用reverse_complement(dna) 获得反向互补的信息，但我不知道如何仅获得反向。
谢谢!
最佳答案
单行代码使用 rev 和 tr 转换输入的第二行(以及第四行)。
gunzip -c in.fq.gz | while read L; do echo $L && read L && echo $L | rev | tr "ATGCN" "TACGN" && read L && echo $L && read L && echo $L | rev ;done
关于bioinformatics - 如何使用biopython或其他工具反转fastq文件？，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/49371940/