我正在编写一个脚本，对蛋白质结构(CIF 文件)重新编号，然后保存它们(PDB 文件:Biopython 没有 CIF 保存功能)。
对于我使用的大多数文件来说，它都有效。但对于像 6ek0.pdb、5t2c.pdb 和 4v6x.pdb 这样的文件，我在 io.save 函数的同一行不断收到相同的 TypeError。当我不重新编号文件，只有这样的输入和输出时，也会出现错误:
from Bio import PDB
io = PDB.PDBIO()
pdb_parser = PDB.MMCIFParser()
pdbfile = '/Users/jbibbe/Documents/2018Masterstage_2/Scripts_part2/PDBfiles/5t2c.cif'
structure = pdb_parser.get_structure(' ', pdbfile)
io.set_structure(structure)
io.save(pdbfile[:-4] + '_test.pdb')
错误是:
Traceback (most recent call last):
File "/Users/jbibbe/Documents/2018Masterstage_2/Scripts_part2/testerfile.py", line 8, in <module>
io.save(pdbfile[:-4] + '_test.pdb')
File "/Users/jbibbe/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/Bio/PDB/PDBIO.py", line 222, in save
resseq, icode, chain_id)
File "/Users/jbibbe/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/Bio/PDB/PDBIO.py", line 112, in _get_atom_line
return _ATOM_FORMAT_STRING % args
TypeError: %c requires int or char
我查看了代码和原子属性，但我看不出原子属性的类型有什么问题。 atom_format_string 中的大部分部分都经过 Biopython 彻底检查，因此我认为它们的类型是正确的。
希望你能帮助我。如果我可以做一些事情来改进这个问题，请指出(我是新来的)。
编辑:明确地说，我想做的是
- 了解出了什么问题
- 保存结构
最佳答案
当 BioPython 尝试在 _ATOM_FORMAT_STRING 中使用 %c 格式写入两个字母的链名称时，会触发该错误。
更一般地说，像 5T2C(核糖体)这样的大结构不能用传统的 PDB 格式编写。许多程序和库支持双字符链名称(写在第 21-22 列中)，但标准是在第 22 列中使用单字符链名称。然后您需要原子编号的一些扩展以支持超过 99,999 个原子 -最受欢迎的是hybrid-36 .
无论如何，BioPython 不支持大 PDB 文件。
(如果你写下你到底想做什么，有人可能会建议另一个解决方案)
关于python - 使用 Biopython 的 PDBIO 创建 PDB 文件时出现类型错误，仅限某些文件，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/50579608/