我想根据 hclust 函数中使用的数据帧的列中的值对树状图的分支进行着色。
在您将此问题标记为重复之前，如 question 中所做的那样，链接到此 question 。请注意，答案实际上从未完全解决这个问题。根据树状图的拓扑对分支进行着色很容易，但我无法弄清楚如何根据 hclust 函数中使用的数据框中的列对分支进行着色。
我尝试以两种非常相似的方式使用 denextend 包:
library(dendextend)
par(mar = c(2,1,0,8)) #make sure the whole plot is on the page
hc <- hclust(dist(mtcars)) #cluster dataframe based on distance
dend <- as.dendrogram(hc) #use dendextend to create dendrogram
dend2 <- color_branches(dend, col = mtcars$cyl) #attempt but fail at coloring branches
plot (dend2, horiz = TRUE) #plot dendrogram
和
dend3 <- assign_values_to_leaves_edgePar(dend, value = mtcars$cyl, edgePar = "col") #attempt but fail at coloring branches
plot (dend3, horiz = TRUE) #plot dendrogram
将 mtcars$cyl 替换为 factor(mtcars$cyl 也不能解决问题。
这两种解决方案都会生成颜色不正确的树状图。
看起来它是根据 cyl 列中的值的顺序从树状图的底部到顶部对颜色进行排序，但由于分支不再按该顺序，因此着色没有任何意义。我不想通过对数据帧进行排序来解决这个问题。
谢谢。
最佳答案
您需要按照树状图叶子的顺序放置颜色。您可以使用labels()来提取叶子上使用的名称
dend2 <- color_branches(dend, col=mtcars[labels(dend),"cyl"])
关于r - 基于数据框中列的树状图的颜色分支，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/55736471/