channel - 检查nextflow channel 是否为空

Question

我正在尝试找出如何检查 channel 是否为空。

例如，我有两个进程。仅当设置了参数/标志的组合时，第一个进程才会运行，如果是这样，还检查来自另一个进程的输入文件(通过 channel 输入)是否不为空，然后为第二个进程创建一个新的输入文件(以最终替换默认的)。作为一个简化的示例:

.....
.....

// create the channel here to force nextflow to wait for the first process
_chNewInputForProcessTwo = Channel.create()

process processOne {
  when:
    params.conditionOne && parameters.conditionTwo
  input:
      file inputFile from _channelUpstreamProcess
 output:
      file("my.output.file") into _chNewInputForProcessTwo
  script:
    """
    # check if we need to produce new input for second process (i.e., input file not empty)
    if [ -s ${inputFIle} ]
      then
          <super_command_to_generate_new_fancy_input_for_second_process> > "my.output.file" 
      else
          echo "No need to create new input"
    fi
   """
}

// and here I would like to check if new input was generated or leave the "default" one
_chInputProcessTwo = Channel.from(_chNewInputForProcessTwo).ifEmpty(Channel.value(params.defaultInputProcessTwo))

process secondProcess {
  input:
      file inputFile from _chInputProcessTwo
......
......
etc.

当我尝试使用这种方法运行时，它会失败，因为 channel _chNewInputForProcessTwo 包含 DataflowQueue(queue=[])，因此实际上并不为空。

我尝试了一些查看文档以及 google groups 和 gitter 上的线程的方法。试图将其设置为空，但随后它提示我试图使用该 channel 两次。放置 create().close() 等

有没有一种干净/合理的方法来做到这一点？我可以使用值 channel 来完成此操作，并让第一个进程在 stdout 上输出一些字符串，以供第二个进程拾取和检查，但这对我来说似乎很脏。

如有任何建议/反馈，我们将不胜感激。预先感谢您!

马吕斯

Answer 1

最好避免尝试检查 channel 是否为空。如果您的 channel 可能为空，并且您需要在 channel 中使用默认值，则可以使用 ifEmpty运营商提供一份。请注意，单个值隐式为 value channel 。我认为您需要的是:

myDefaultInputFile = file(params.defaultInputProcessTwo)

chInputProcessTwo = chNewInputForProcessTwo.ifEmpty(myDefaultInputFile)

此外，通常不需要调用 Channel.create()。