r - gtsummary - 分别呈现未知/缺失值的比例

Question

我有一个具有未知值的分类变量(种族)，我尝试用 gtsummary 呈现它，以便分别计算已知值和未知值的比例

我已经成功到达this stage

但是我找不到单独计算缺失值比例的方法

我的代码是这样的

trial %>%      
  select(age, response, trt) %>%
  tbl_summary(
    by = trt,
    missing = "if_any",
     statistic = list(all_continuous() ~ "{mean} ({sd})",
                               response~ c("{n} ({p}%)",
                                        "{N_miss} ({p_miss})"),
                               all_categorical() ~ "{n} ({p}%)"),
  ) 

我确实尝试了建议的解决方案 here (即 fct_replace_na 并设置 missing = "no")，但它仍然在总体比例中包含未知行

谢谢

Answer 1

这是一个很好的问题，我认为我应该实现一些措施来使这变得更容易。无论如何，我将这样做: 1. 定义一个新变量，指示该变量是否丢失。 2. 在表中汇总此变量并将默认标签更新为“未知”，3. 缩进缺少的行。

下面的例子!

library(gtsummary)
library(dplyr, warn.conflicts = FALSE)
packageVersion("gtsummary")
#> [1] '1.6.0'


tbl <-
  trial %>%      
  mutate(across(c(age, response), is.na, .names = "{.col}_missing")) %>%
  select(age, age_missing, response, response_missing, trt) %>%
  tbl_summary(
    by = trt,
    missing = "no",
    label = ends_with("_missing") ~ "Unknown",
    statistic = list(all_continuous() ~ "{mean} ({sd})",
                     response~ c("{n} ({p}%)",
                                 "{N_miss} ({p_miss})"),
                     all_categorical() ~ "{n} ({p}%)"),
  ) %>%
  modify_column_indent(columns = label, rows = endsWith(variable, "_missing"))

^{由reprex package于2022年4月27日创建(v2.0.1)}