r - 为 gtsummary 包设置默认主题和粗体变量

Question

我有一个关于设置 gtsummary 包默认主题的问题。

library(tidyverse)
library(gtsummary)
library(gapminder)

gap <- gapminder %>% 
  dplyr::mutate_all(~ifelse(
    sample(c(TRUE, FALSE), size = length(.), replace = TRUE, prob = c(0.8, 0.2)),
    as.character(.), 
    NA)
  ) %>% 
  dplyr::mutate_at(vars(year:gdpPercap), ~as.numeric(.)
  ) %>% 
  dplyr::mutate(gdpPercap = ifelse(gdpPercap > median(gdpPercap, na.rm = TRUE), "high", "low"))

my_theme <-   
  list(
    "tbl_summary-str:default_con_type" = "continuous2",
    "tbl_summary-str:continuous_stat" = c("{median} ({p25} - {p75})",
                                          "{mean} ({sd})", 
                                          "{min} - {max}"),
    "tbl_summary-str:categorical_stat" = "{n} / {N} ({p}%)",
    "style_number-arg:big.mark" = "",
    "add_p.tbl_summary-attr:test.categorical" = "",
    "tbl_summary-fn:percent_fun" = function(x) style_percent(x, digits = 3),
    "add_p.tbl_summary-attr:test.categorical" = "chisq.test"
  )

gap %>% 
  gtsummary::tbl_summary(
    by = continent
  ) 

我想知道如何设置默认主题以添加 p 值或例如使标签加粗。我尝试了上面的代码，但它不起作用。我知道我可以添加 add_p() 但我想知道我是否可以在主题中执行此操作，这样我在想要添加时就不必输入 add_p p 值。感谢您的帮助。

Answer 1

更新: 从 gtsummary v1.4.0 开始，您可以使用主题在每个 tbl_summary() 之后设置诸如 add_p() 和 bold_labels() 之类的函数。 p>

library(gtsummary)
packageVersion("gtsummary")
#> [1] '1.4.0'

# theme to always run add_p() and bold_labels() after tbl_summary()
list(
  "tbl_summary-fn:addnl-fn-to-run" = 
    function(x) {
      if (!is.null(x$by)) x <- add_p(x) # add_p if there is a by variable
      bold_labels(x) # bold labels and return table
    }
  ) %>%
  set_gtsummary_theme()

tbl <-
  trial %>%
  select(age, grade, trt) %>%
  tbl_summary(by = trt)

^{由 reprex package 创建于 2021-04-14 (v2.0.0)}

旧帖子: 使用主题的 tbl_summary() 之后无法直接自动运行 add_p() 和 bold_labels()。我认为最好的选择可能是定义一个运行附加函数的新函数。

tbl_summary_p <- function(...) {
  tbl_summary(...) %>%
    add_p() %>%
    bold_labels()
}

gap %>% tbl_summary_p(by = continent)

但是，您可以利用主题将标签加粗。主题允许您使用主题元素 as_gt-lst:addl_cmds 包含任何格式化命令。如果您将下面的主题元素添加到主题列表中，gt 表格的标签行将以粗体显示。

# bold labels for gt output
  "as_gt-lst:addl_cmds" = 
    list(tab_spanner = expr(gt::tab_style(style = gt::cell_text(weight = "bold"), 
                                          locations = gt::cells_body(columns = gt::vars(label), 
                                                                     rows = row_type == "label"))))