r - 通过管道输入 rcorr

Question

我正在尝试运行rcorr作为多个数据帧函数的一部分，为每个测试提取 p 值，但在管道输入 rcorr 时收到 NA 值。

例如，如果我创建一个矩阵并运行 rcorr在此矩阵上，使用 $P 提取 pvalue 表和 p 值 [2]它有效...

library(Hmisc)
library(magrittr)

mt <- matrix(c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10), ncol=2)
    rcorr(mt, type="pearson")$P[2]
    [1] 0

但是如果我尝试通过管道传递它，我只会收到 NA。

mt %>% rcorr(., type="pearson")$P[2]
[1] NA NA

mt %>% rcorr(., type="pearson")$P
Error in .$rcorr(., type = "pearson") : 
  3 arguments passed to '$' which requires 2

有人可以向我解释为什么这不起作用或提供解决方法吗？理想情况下，我不想在运行 rcorr 之前为每个矩阵创建变量

提前致谢。

Answer 1

解决方案

(mt %>% mcor(type = "pearson"))$P[2]
# [1] 0

说明

请注意，两者

mt %>% rcorr(., type = "pearson")

和

mt %>% rcorr(type = "pearson")

按预期工作。问题是您将 $ 和 [ 添加到第二个对象，这基本上就像后续的函数调用一样。例如，

s <- function(x) c(1, 1 + x)
1 %>% s
# [1] 1 2

按预期工作，但是

1 %>% s[1]
# Error in .[s, 1] : incorrect number of dimensions

不会返回 1，因为我们正在尝试执行类似 s[1](1) 的操作。

现在

1 %>% s(x = .)[1]
# Error in .[s(x = .), 1] : incorrect number of dimensions

就像你的一样

mt %>% rcorr(., type = "pearson")$P[2]
# [1] NA NA

比较棘手。请注意，它可以重写为

mt %>% `[`(`$`(rcorr(., type = "pearson"), "P"), 2)
# [1] NA NA

所以，现在很明显后者不起作用，因为它基本上是

`[`(mt, `$`(rcorr(mt, type = "pearson"), "P"), 2)
# [1] NA NA

破译后，是

mt[rcorr(mt, type = "pearson")$P, 2]
# [1] NA NA