我有一些非常大的WIG来自 ChIP-seq 结合配置文件的文件，但我希望将假发文件上传到某些在线基因组浏览器。因此，我需要通过降低分辨率来减小假发文件的大小。
假设我不需要 100 bp 窗口，我可以接受 1000 bp 窗口来可视化结合配置文件。不确定是否有一些有效的算法可以做到这一点？
我可以使用java或R来实现。
最佳答案
目前最方便的方法是在从 Bam 生成 Wig 的同时使用 SPP 降低 Wig 的分辨率。
以下脚本可能有用。
bamtowig("treat.bam","control.bam","name","OutDir",150, 50)
tag.dens<-get.smoothed.tag.density(chip.data, control.tags=input.data, bandwidth=bandwidth, step=step)
writewig(tag.dens, fname=paste(nam, ".TagDens.bd",bandwidth,".st",step,".wig", sep=""),paste("Tag Density", bandwidth, step))
另一种方法是直接解析假发，因为假发是文本文件，您可以编写一个脚本逐行读取假发并合并到大窗口应该是一个选项。对于大 window ，可以使用平均值。
关于java - 降低假发的分辨率，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/35186279/