python - 在 Python 中运行 lmer(线性混合效应回归)

Question

我想问一些关于运行的问题lmer Python 中的(线性混合效应回归)模型。

这是我在 lme4 中运行的两行(或公式)包(R 中)。有什么方法可以在 Python 中拟合如下模型吗？

1. TEST1 <- score ~ p1 + p2 + p3 + (1|v1) + (1|v2), data = df, control = lmerControl(boundary.tol = 1e-4, calc.derivs = FALSE))
2. TEST2 <- score ~ (1|v1) + (1|v2), data = df, control = lmerControl(boundary.tol = 1e-4, calc.derivs = FALSE))

Answer 1

如果您不需要在 Python 中实际运行模型，您可以直接从 Python 环境中调用并运行 R 中的 LMER 模型。

您可以通过Rpy2来做到这一点& rmagic 或通过 Pymer4 。这两个选项都允许您在 R 中使用 lme4 包，并可以选择从 Jupyter Notebooks 等 Python 环境中调用它们。

我写了一篇教程，介绍如何使用此处提供的示例来执行此操作:https://towardsdatascience.com/how-to-run-linear-mixed-effects-models-in-python-jupyter-notebooks-4f8079c4b589

正如 EJJ 所指出的，Python 中有 LMER 的实现，例如 statsmodels和 Tensorflow但它们使用起来似乎不如上述方法直观。