r - 什么是单个字符的向量

Question

我有以下函数(来自 seqinr 包):

translate(seq, frame = 0, sens = "F", numcode = 1, NAstring = "X", ambiguous = FALSE)

简而言之，它将 DNA 序列翻译成蛋白质序列。我在给出 seq 参数时遇到问题。文档说:

seq = the sequence to translate as a vector of single characters in lower case letters

我将 DNA 序列存储在 data.frame 中(此处命名为 seq):

seq <- data.frame(geneSeq="ATGTGTTGGGCAGCCGCAATACCTATCGCTATATCTGGCGCTCAGGCTATCAGTGGTCAGAACACTCAAGCCAAAATGATTGCCGTTCAGACCGCTGCTGGTCGTCGTCAAGCTATGGAAATCATGAGGCAGACGAACATCCAGAATGCTGACCTATCGTTGCAAGCTCGAAGTAACCTTGAGAAAGCGTCCGCCGAGTTGACCTCACAGAACATGCAKAAGGTCCAAGCTATTGGGTCTATCCGAGCGGCTATCGGAGAAAGTATGCTTGAAGGTTCCTCAATGGACCGTATTAAGCGAGTCACAGAAGGACAGTTCATTCGGGAAGCCAATATGGTAACTGAGAACTATCGCCGTGACTACCAAGCAATCTTCGTACAGCAACTTGGTGGTACTCAAAGTGCTGCAAGTCAGATTGACGAAATCTATAAGAGCGAACAGAAACAGAAGAGTAAGCTACAGATGGTTCTGGACCCACTGGCTATCATGGGGTCTTCCGCTGCGAGTGCTTACGCATCCGATGCGTTCGACTCTAAGTTCACAACTAAGGCACCTATTGTTGCCGCTAAAGGAACCAAGACGGGGAGGTAA", stringsAsFactors=FALSE)

每次我尝试使用翻译函数时，它都会返回错误:

Error in s2n(seq, levels = s2c("tcag")) : 
  sequence is not a vector of chars

我尝试了以下方法，均出现上述错误:

trans<- seqinr::translate(tolower(seq[1,1]))
trans<- seqinr::translate(stringr::str_split(tolower(seq[1,1]), pattern=""))
trans<- seqinr::translate(as.character(stringr::str_split(tolower(seq[1,1]), pattern="")))

如何将 DNA 序列转换为单个字符向量？

Answer 1

您可以使用strsplit:

strsplit("ABCD", "")
# [[1]]
# [1] "A" "B" "C" "D"

## your example:
seqinr::translate(strsplit(seq[1,1], "")[[1]])