r - 操作数据框(使用 R)

Question

为了促进我的分析，我有一个很难达到的目标；据我所知，没有类似的问题。我在 Excel 中有一个很长的数据框，我在这里以更简单的形式在 R 环境中重现它:

A1 <- cbind("sp1","sp2","sp3", "sp4", "sp7", "sp8") 
A2 <- cbind("sp1","sp3", "sp4", "sp7", "sp9") 
A3 <- cbind("sp5","sp6","sp7", "sp10") 
A4 <- cbind("sp1","sp2","sp7", "sp9", "sp10") 
A5 <- cbind("sp3","sp4") 

max_row <- 6

A1 <- c(A1, rep(NA, max_row - length(A1)))
A2 <- c(A2, rep(NA, max_row - length(A2))) 
A3 <- c(A3, rep(NA, max_row - length(A3))) 
A4 <- c(A4, rep(NA, max_row - length(A4))) 
A5 <- c(A5, rep(NA, max_row - length(A5))) 
df <-cbind(A1,A2, A3, A4, A5)
df <- as.data.frame(df)
df <- data.frame(lapply(df, as.character), stringsAsFactors=FALSE)

为了更好地理解我工作的环境，“sp”是物种，A* 是我检测到给定物种的位点。

我想将此数据帧转换为另一个结构如下的数据帧:

第一列包含地点名称，后面的都是物种名称(显然，只重复一次)。然后，我需要在给定站点中为存在分配“1”，为缺席分配“0”。

我花了很多时间来尝试实现我的目标，但对于我的 R 语法能力来说，这个问题太复杂了。

有人可以帮助我吗？

Answer 1

您可以以长格式收集数据来处理并添加显示站点上物种存在的列。然后使用 reshape2::dcast 以宽格式传播数据:

library(tidyverse)
library(reshape2)

df %>% gather(Site, Species) %>%
  filter(!is.na(Species)) %>%
  mutate(value = 1) %>%      #Species are present on a site
  dcast(Site~Species, value.var = "value", fill = 0)

#   Site sp1 sp10 sp2 sp3 sp4 sp5 sp6 sp7 sp8 sp9
# 1   A1   1    0   1   1   1   0   0   1   1   0
# 2   A2   1    0   0   1   1   0   0   1   0   1
# 3   A3   0    1   0   0   0   1   1   1   0   0
# 4   A4   1    1   1   0   0   0   0   1   0   1
# 5   A5   0    0   0   1   1   0   0   0   0   0