当安装任何新包时，我收到错误提示说找不到 Rtools。我按照 Rtools 的手动安装说明进行操作，但仍然收到相同的错误消息。
> install.packages("phyloseq")
WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding
R 似乎找不到 Rtools。有办法解决这个问题吗？
我注意到第二个问题是，在启动新的 R session 时，以前安装的软件包也会消失。这两个问题可以联系起来吗？
我的 R 版本是 4.0，我在 Windows 64 位上工作
最佳答案
安装完成后，您还需要执行一个步骤才能编译 R 包:您需要将 Rtools make 实用程序(bash、make 等)的位置放在 PATH 上。最简单的方法是在您的文档文件夹中创建一个文本文件 .Renviron，其中包含以下行:
writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron")
现在重新启动 R，并验证是否可以找到 make，这应该会显示 Rtools 安装的路径。
Sys.which("make")
## "C:\\rtools40\\usr\\bin\\make.exe"
https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/
未找到包的第二部分与升级 R 版本有关，例如3.5 至 3.6 或 3.6 至 4.0。如果您转到 Documents\R\win-library，将会有一个版本文件夹，其中安装了库。这是一个将安装旧库的脚本。
lib_loc <- "C:/Users/apdev/Documents/R/win-library/3.3"
to_install <- unname(installed.packages(lib.loc = lib_loc)[, "Package"])
to_install
install.packages(pkgs = to_install)
https://community.rstudio.com/t/reinstalling-packages-on-new-version-of-r/7670/4
关于从 CRAN 安装软件包时 R 找不到 Rtools，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/62469777/