我想知道是否有一种方法可以从邻接矩阵(如下面的矩阵)快速计算任何节点对之间的共享邻居数(即连接到节点 i 和 j 的节点数)和然后以矩阵格式返回输出?
我引用了以下这些帖子, Find common neighbors of selected vertices Counting the number of neighbors in common between two vertices in R Calculate number of common neighbors in igraph R
但似乎找不到很多线索来做我想要实现的目标。有人告诉我这可以直接计算为 adjm'
*adjm
,但我不确定这是否有意义。如果有人能对此有所了解,我们将不胜感激。
# create an adj. matrix
adjm <- matrix(sample(0:1, 100, replace=TRUE, prob=c(0.6,0.4)), nc=10)
# set diagonal element to 0
diag(adjm) <- 0
# making it symmetric
adjm[lower.tri(adjm)] = t(adjm)[lower.tri(adjm)]
最佳答案
是的,你可以通过计算矩阵得到共享邻居的数量
adjm' 和 adjm 的乘积。由于您使用的是 R,因此 adjm'*adjm
表示
矩阵的分量乘积。我们想要矩阵产品,
所以你需要使用%*%。我将在下面使用它。
为了简化符号,我将表示 adjm = A 其中 如果节点 i 和 j 之间存在链接,则 A[i,j] 为 1(它们是邻居) 否则 A[i,j] = 0。
让我们计算 t(A) %*% A。
t(A) %*% A的第i-j个坐标是
(t(A) %*% A)[i,j] =
sum(t(A)[i,k] * A[k,j]) =
sum(A[k,i] * A[k,j])
总和中的所有产品都是 0 或 1。
如果 A[k,i]=1 和 A[k,j]=1,则乘积为 1,
否则为零。所以 (t(A)%*%A)[i,j]
等于
A[k,i]=1 和 A[k,i]=1 的不同 k 的数量
A[k,j]=1。但是 A[k,i]=1 意味着 k 是 i 的邻居
A[k,j]=1 表示 k 是 j 的邻居,所以
(t(A)%*%A)[i,j]
等于不同k的个数
其中 k 是 i 和 j 的邻居。
让我们在您的示例中尝试一下。为了使结果 可重现,我设置了 random.seed。
library(igraph)
## For reproducibility
set.seed(1492)
# create an adj. matrix
adjm <- matrix(sample(0:1, 100, replace=TRUE, prob=c(0.6,0.4)), nc=10)
# set diagonal element to 0
diag(adjm) <- 0
# making it symmetric
adjm[lower.tri(adjm)] = t(adjm)[lower.tri(adjm)]
Shared = t(adjm) %*% adjm
g = graph_from_adjacency_matrix(adjm, mode = "undirected")
plot(g)
例如,请注意 Shared[1,4] = 4。
那是因为节点 1 和 4 有四个共享邻居,
节点 2,3,6 和 9。Shared[5,7]=0 因为节点 5 和 7
没有共同的邻居。
关于r - 从邻接矩阵中快速计算任意一对节点之间的共享邻居数,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/69956133/