我正在尝试确定提取未映射读数的最佳方法，其中配对中的两个配对均未映射。目前，我的代码似乎只是提取所有未映射的读取，无论它们的配对如何。我不知道如何解决这个问题，因为我已经使用 -f 选项来提取未映射的读取。我会再次迭代 samtools View 吗？
samtools view -@ 4 -buh -f4 sample${r}_pe.remove.sam > sample${r}_pe.unmapped.bam
最佳答案
仅提取读段 1 未映射且读段 2 未映射的读段(= 两个配合都未映射):
samtools view -b -f12 input.sam > output.both_mates_unmapped.bam
这里的选项是:
-b - 输出 BAM，
-f12 - 过滤器仅读取标志:4(读取未映射)+ 8(配合未映射)。
另请参阅:
解码 SAM 标志:https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html
关于bash - 使用 samtools 提取两个配对均未映射的未映射读数？，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/63157073/