我正在使用 python/pysam 来分析测序数据。在它的命令伙伴教程(pysam - An interface for reading and writing SAM files)中说:
'这种方法对于高通量处理来说太慢了。如果读取需要与其伙伴一起处理，请从读取名称排序文件或更好的缓存读取中工作。'
您将如何“缓存读取”？
最佳答案
Caching是加速长时间运行操作的典型方法。它为了计算速度而牺牲了内存。
假设您有一个函数，给定一组参数总是返回相同的结果。不幸的是，这个函数非常慢，你需要调用它很多次，这会减慢你的程序。
您可以做的是存储有限数量的 {parameters: result} 组合，并在使用相同参数调用函数时跳过其逻辑。
这是一个卑鄙的把戏，但非常有效，尤其是当参数组合与函数速度相比较低时。
在 Python 3 中有一个 decorator为此目的。
在 Python 2 中一个 library可以提供帮助，但您需要做更多的工作。
关于python - 如何缓存读取？，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/34302597/