r - 如何使用 kbl format = "markdown"指定 kableExtra 选项？

Question

我正在尝试使用 bookdown 将 .bib 文件中的引用包含到 Rmarkdown 中的 kable 表中。如果我使用 kableExtra::kbl() 在 kable 中指定 format = "markdown" ，引用就会起作用。但是将其提供给其他 kable_styling 格式选项不再起作用并会导致警告:

---
title: "Citation in landscape table"
site: bookdown::bookdown_site
output: 
  bookdown::pdf_book:
bibliography: [ref.bib]
biblio-style: apalike
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library('kableExtra')
```

```{r}
tmp <- data.frame('line' = c(1:3), 'ref' = c("no ref", "@R-base", "no ref"))
kbl(tmp, format = "markdown", longtable = TRUE, booktabs = TRUE, escape = FALSE) %>%
 kable_styling(latex_options =c("striped", "hold_position", "repeat_header", "scale_down")) %>%
 column_spec(2, width = "20em") %>%
 landscape()
```

这会导致生成的 pdf 中出现警告消息:

## Warning in kableExtra::kable_styling(., latex_options = c("striped",
## "hold_position", : Please specify format in kable. kableExtra can customize
## either HTML or LaTeX outputs. See https://haozhu233.github.io/kableExtra/ for
## details.
## Warning in column_spec(., 2, width = "20em"): Please specify format in
## kable. kableExtra can customize either HTML or LaTeX outputs. See https://
## haozhu233.github.io/kableExtra/ for details.
## Warning in kableExtra::landscape(.): Please specify format in kable. kableExtra
## can customize either HTML or LaTeX outputs. See https://haozhu233.github.io/
## kableExtra/ for details

如果我排除 format = "markdown" 选项，警告就会消失，并且我会得到横向格式的正确表格，但引用不再起作用。

如何获取带有 kable_styling() 指定的选项的横向表以及表中的工作引用？

ref.bib的内容是:

@Manual{R-base,
  title = {R: A Language and Environment for Statistical
           Computing},
  author = {{R Core Team}},
  organization = {R Foundation for Statistical Computing},
  address = {Vienna, Austria},
  year = {2019},
  url = {https://www.R-project.org},
}

Answer 1

警告告诉您 kable的样式函数不适用于 markdown格式，因此您需要使用 format = "latex" (默认)确实如此。

为了使引用在表格中起作用，我们必须付出一些额外的努力，并且仅使用 LaTeX 来处理引用(而不是让 knit 预先进行一些争论)。

1. 设置 .tex 文件 preamble.tex其中包括合适的 LaTeX 包(如 natbib)并指定引用书目样式:

   序言.tex

   \usepackage{natbib}
   \bibliographystyle{unsrtnat}
   

2. 在 .Rmd YAML header 中包含序言:

   output: 
   bookdown::pdf_book:
   includes: 
     in_header: preamble.tex
   

3. 通过添加 \bibliography{ref} 包含引用书目在你的 .Rmd 中。使用\cite{<your_reference>}以在文中引用。请注意\是 R 的特殊字符，需要通过附加 \ 进行转义如果在字符串中使用:

   tmp <- data.frame(
    'line' = c(1:3), 
    'ref' = c("no ref", "\\cite{R-base}", "no ref")
   )
   

示例:

Let's check that citations work: R \citep{R-base} is great!

```{r}
kbl(tmp, booktabs = T, escape = F) %>%
 kableExtra::kable_styling(
   latex_options = c("striped", "hold_position", "repeat_header")
   ) %>%  
  column_spec(2, width = "50em") %>%
landscape()
```