python - 如何使用 libsbml 读取 sbml 文件的属性

Question

我有一个Reactome的sbml模型，你可以从https://reactome.org/content/detail/R-HSA-156581下载它并单击 sbml。对于<reaction> ，其中一些属性为 <listOfModifiers> ，我正在尝试使用 libsbml 或 cobrapy 来做到这一点。

我的代码读取了sbml文件，但是如何获取<listOfModifiers>的属性？

sbml_test_file = "./R-HSA-156581.sbml"

# Using the libSBML python API
# http://model.caltech.edu/software/libsbml/5.18.0/docs/formatted/python-api/libsbml-python-reading-files.html
reader = libsbml.SBMLReader()
document = reader.readSBML(sbml_test_file)
model = document.getModel()

Answer 1

libsbml API 旨在直接模仿 SBML 本身的结构。因此，一旦有了模型，您就可以从模型中获得 react ，一旦有了 react ，您就可以获得 react 的修饰符:

    import libsbml
    
    sbml_test_file = "R-HSA-156581.sbml"
    reader = libsbml.SBMLReader()
    document = reader.readSBML(sbml_test_file)
    model = document.getModel()
    for r in range(model.getNumReactions()):
        rxn = model.getReaction(r)
        for m in range(rxn.getNumModifiers()):
            mod = rxn.getModifier(m)
            print(mod.getId(), "in reaction", rxn.getId())