python - 如何将 SBML 公式转换为程序代码？

Question

我是 sbml 的新手，我真的很困惑。

我想用 Runge Kutta 求解 ODE。 ODE 存储在 SBML 文件中。 该文件的一部分如下所示

<listOfReactions>
  <reaction id="growth_P" reversible="false" fast="false">
    <listOfReactants>
      <speciesReference species="P" constant="false"/>
    </listOfReactants>
    <listOfProducts>
      <speciesReference species="P" constant="false"/>
    </listOfProducts>
    <kineticLaw>
      <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
        <apply>
          <times/>
          <ci> Rp </ci>
          <ci> P </ci>
        </apply>
      </math>
      <listOfLocalParameters>
        <localParameter id="Rp" value="1" units="per_second"/>
      </listOfLocalParameters>
    </kineticLaw>
  </reaction>
....
</listOfReactions>

这应该描述 react dP/dt = Rp*P

我的问题来了。我不知道如何将 sbml 公式转换为我的程序可以处理的公式(python/C++，无论什么)

所以最好的选择是像这样的函数

Product = evaluate_sbml_formula(formula,value_of_reactant)

我阅读了 sbml 文档，但没有找到它。

你有什么建议吗？ 谢谢

Answer 1

如果没有看到整个 SBML 文件，就很难构造一组 ODE 来求解。在我的 python 类(class) ( 1 ) 中，我使用 libSBML(作为 pypi/anaconda 包提供)用 python 解决 SBML 文件。这里有一个文件的链接，该文件将 SBML 转换为 ODE，然后用 scipy 求解:

https://www.dropbox.com/s/2bfpiausejp0gd0/convert_reactions.py?dl=0

希望对你有帮助