r - plot() 不显示 lme/lmer 的所有诊断图

Question

使用 lme/lmer 函数时，我无法让 R 以 par(mfrow=c(2,2)) 和 plot( )。
我只得到 res vs fit 情节，没有别的。
我在使用 lm 函数时没有问题。
有人知道怎么做这个吗？

library(lme4)
m0<-lmer(hematology~Treatment*day+Gender+(1|ID),data=long,na.action=na.omit,REML=FALSE)
par(mfrow=c(2,2))
plot(m0) 

Answer 1

tl; 博士 ?plot.merMod 相当详细地解释了绘图方法如何适用于 [g]lmer 生成的拟合...
你至少可以很容易地得到对应于 plot.lm 的前三个图:
添加平滑线的拟合 vs 残差

plot(lmer_model, type=c("p","smooth"), col.line=1)

(更难获得平滑和不同颜色绘制的零线)
比例位置图

plot(lmer_model,
     sqrt(abs(resid(.)))~fitted(.),
     type=c("p","smooth"), col.line=1)

QQ图

lattice::qqmath(lmer_model)

残差与杠杆

plot(fm1, rstudent(.) ~ hatvalues(.))

(库克的距离可以通过 cooks.distance() 计算，但叠加 CD={0.5,1} 的轮廓并不那么容易......)
历史笔记lme4 诊断绘图方法的设计和实现与 plot.lm 不同，后者是 base R 中的规范示例。为什么？我不确定，但这种方法源自 nlme 包，它早于 R；我能找到的最早版本是 this page from the Wayback Machine (1998)，它链接到 1995 年 2 月的 1.2 版 copy of the user's guide；那是在 June 1995 中 R(通过 ftp)的第一个源代码发布前三个月。

它使用 lattice(源自 Trellis™ 图形)而不是 base-R 图形

虽然它不会自动构建，例如比例位置图，它更灵活。您可以使用公式来显示拟合值或残差值与参数、方面等，例如plot(fm1,residuals(.)~Days|Subject)

有用于绘制残差等的单独命令(plot)和 Q-Q 图(qqnorm 中的 nlme，qqmath 中的 lme4)