graphics - igraph 绘图函数不在 IPython 笔记本中显示图像

Question

我尝试在 IPython 笔记本中进行基本的 igraph 绘图:

fn = 'misrables.gml'
gr = igraph.Graph.Read_GML(fn)
igraph.plot(gr)

我没有看到图表，而是看到了这个:

Out[7]: <igraph.drawing.Plot at 0x1120d6978>

我如何说服 IPython 实际显示图形？

一些说明

内联 matplotlib 工作正常，所以这不是问题。

我安装了cairo:

import cairo
cairo.version

输出:1.10.0

在绘图对象上调用 _repr_svg() 会导致错误:

TypeError                                 Traceback (most recent call last)
/Users/boris/Documents/workspace/communityAnalysis/src/utils.py in <module>()
----> 1 z = ig.plot(gr)._repr_svg_()

/usr/local/lib/python3.4/site-packages/igraph/drawing/__init__.py in _repr_svg_(self)
    362         # No idea why this is needed but python crashes without
    363         context.show_page()
--> 364         surface.finish()
    365         # Return the raw SVG representation
    366         return io.getvalue()

TypeError: string argument expected, got 'bytes'

Answer 1

您的计算机上是否安装了 Cairo 库及其 Python 绑定(bind)？ igraph 的 Plot 对象有一个 _repr_svg_ 方法应该足以让 IPython 显示绘图，但是 _repr_svg_ 在幕后使用 Cairo 来绘制将图形转换为 SVG 文件，所以如果你没有 Cairo，_repr_svg_ 可能会抛出一个 IPython 吞下的异常，然后你会得到一个普通的 repr() 表示情节。

更新:根据更新后的帖子，原来的问题是 _repr_svg_ 没有为 Python 3.x 准备，因为它使用了 StringIO 对象，其中 BytesIO 对象是合适的。将函数开头的 io = StringIO() 替换为 io = BytesIO() 并将 return io.getvalue() 替换为 return io.getvalue().decode() 最后解决了问题。 (from io import BytesIO 也需要在 igraph/drawing/__init__.py 的顶部)。 bug report已在 GitHub 上归档；该问题将在下一个次要版本中修复。

更新:该问题现已在开发版中修复；见this commit一个补丁。