r - R中的多线程数据表比使用单线程的慢得多

Question

这里有一个简单的例子:

#Load libraries:
library(data.table)
library(tictoc)

#Set the number of threads:
setDTthreads(1)

#Set seed:
set.seed(1)

#Create a small example:
n_f<-2500
n_w<-sample(1:1000,n_f,replace=TRUE)
n_t<-sample(c("","AS","E","D","F"),n_f,replace=TRUE)
yearmonth<-ifelse(nchar(seq(1,12))==1,paste("0",seq(1,12),sep=""),seq(1,12))
yearmonth<-paste(rep(seq(1996,2018),each=12),yearmonth,sep="")

#Create a large synthetic data set:
data_final<-list("vector")
for (i in 1:length(yearmonth)){
  data_aux<-data.table(fid=rep(1:n_f,n_w),type=rep(n_t,n_w),date=yearmonth[i])
  data_final[[i]]<-data_aux
}

#Combine everything together:
data_final<-rbindlist(data_final)

#Do the calculation:
tic()
data_final[,nr_unique_type:=uniqueN(type),by=c("fid","date")]
toc()

在我的机器上，计算大约需要23秒。另一方面，如果我未指定setDTthreads(1)(它使用32个内核)，则它将运行53秒。也许有人可以解释为什么使用多线程会这么慢。

我正在使用R 3.6.0和data.table 1.12.8

Answer 1

根据评论中的讨论。这是已知的效率低下，即使在计算相对较小的任务时，也会由于组成一组CPU线程而导致效率低下。
最新版本的data.table(1.12.10)中对此进行了改进。
OP已经对此进行了验证。
不再需要使用setDTthreads(1)来避免这种低效率。