r - 从tar捕获错误并继续处理

Question

我正在遍历.tar.gz文件列表，解压缩它们并对其进行一些分析。到现在为止还挺好。问题是，当某些文件损坏时，untar引发错误并且处理停止。

我的代码是这样的:

f <- dir(path.to.files, pattern=".tar.gz")
for(k in 1:length(f)){
  # make sure the temporary dir is empty
  file.remove(dir(path = tempdir(), full.names = TRUE)
  untar(f[k], exdir = tempdir())
  # do some analisys with the extracted files
}

我宁愿从解压缩程序中捕获错误，跳过该损坏的文件，然后继续执行我的循环。我已经尝试使用try和tryCatch，但是没有运气。

有没有一种方法告诉untar发出警告而不是错误？

Answer 1

您可以通过将next添加到tryCatch的finally参数来继续循环。考虑以下示例。循环从1到3运行，并打印迭代值。当值等于2时，R尝试解压缩文件“untitled-3.synctex1.gz”，该文件在我当前的工作目录中不存在

for(i in 1:3) {
  print(i)
  if(i == 2) tryCatch(untar("untitled-3.synctex1.gz"), finally=next)
}

[1] 1
[1] 2
Show Traceback

Rerun with Debug Error in gzfile(path.expand(tarfile), "rb") : cannot open the connection In addition: Warning message:
In gzfile(path.expand(tarfile), "rb") : cannot open compressed file 'untitled-3.synctex1.gz', probable reason 'No such file or directory'
[1] 3

我们看到错误消息和警告，但是循环继续到下一次迭代并打印第三个值。