r - 字符串公式(来自 paste())不适用于 randomForest()

Question

我正在尝试将 randomForest 与通过 paste() 函数构造的公式一起使用。然而，randomForest 拒绝接受这样的公式，而 rpart 接受。有谁知道我怎样才能让它工作？

library(rpart)
library(randomForest)

# Construct a formula by pasting stuff together.
columnName <- "Species"
modelFormula <- paste(columnName, " ~ .")
print(modelFormula)
## [1] "Species  ~ ."


# Call rpart() and randomForest() with the constructed model.
model <- rpart(modelFormula, data=iris)
model <- randomForest(modelFormula, data=iris)
## Error in if (n == 0) stop("data (x) has 0 rows") : 
##   argument is of length zero

# This works if I directly include the formula.
model <- randomForest(Species ~ ., data=iris)

Answer 1

您需要将字符串强制转换为公式对象(使用 as.formula())才能与 randomForest() 一起使用:

R> model <- randomForest(as.formula(modelFormula), data=iris)
R> model

Call:
 randomForest(formula = as.formula(modelFormula), data = iris) 
               Type of random forest: classification
                     Number of trees: 500
No. of variables tried at each split: 2

        OOB estimate of  error rate: 4.67%
Confusion matrix:
           setosa versicolor virginica class.error
setosa         50          0         0        0.00
versicolor      0         47         3        0.06
virginica       0          4        46        0.08

字符串和公式对象有点区别

R> modelFormula
[1] "Species  ~ ."
R> as.formula(modelFormula)
Species ~ .

这很重要，因为如果您提供一个公式对象作为第一个参数，就会有一个 formula 方法启动。如果你不这样做，你会得到 default 方法，并且它不知道如何处理它的参数 x 的字符串。您可以在下面看到方法调度:

R> methods(randomForest)
[1] randomForest.default* randomForest.formula*

   Non-visible functions are asterisked
R> debugonce(randomForest:::randomForest.formula)
R> model <- randomForest(modelFormula, data=iris) ## 1
Error in if (n == 0) stop("data (x) has 0 rows") : 
  argument is of length zero
R> model <- randomForest(as.formula(modelFormula), data=iris)
debugging in: randomForest.formula(as.formula(modelFormula), data = iris)
debug: {
.... truncated

我调试了 formula 方法，但在您将公式对象作为第一个参数传递之前，它不会被调用。因此第一次调用中的错误(上面的## 1)。使用公式对象，我们看到当我们进入调试器时调用了 randomForest.formula 方法。