image - 如何使用 matlab 正确地分割细胞图像？

Question

我有下面的图片，是胰腺细胞的照片

我想做的是能够获得每个细胞的膜(红色细丝)，然后进行镶嵌以了解细丝的长度。 到目前为止，我已经尝试使用matlab网站上给出的示例，但结果并不是很好......

 I = imread('picture.tiff');
 I_gray = rgb2gray(I);
 [~, threshold] = edge(I_gray, 'sobel');
 fudgeFactor = .5;
 BWs = edge(I_gray,'sobel', threshold * fudgeFactor);
 se90 = strel('line', 3, 90);
 se0 = strel('line', 3, 0);
 BWsdil = imdilate(BWs, [se90 se0]);

我一直在寻找其他方法来实现这一点，但没有任何令人满意的结果......有没有办法做到这一点？也许除了 matlab 之外的其他软件可能会更有效。提前谢谢您!

Answer 1

我对细胞或镶嵌或其他什么一无所知。但如果你想检测非均匀背景中的那些 Blob ，那么我可能会有所帮助。由于背景不均匀，您需要单独分析 Blob 。您不能仅设置固定阈值来一次检测所有 Blob 。首先，您将单独检测每个 Blob ，然后使用单独的阈值。这是示例

原图

im=imread('gxGkH.jpg');
figure,imagesc(im);axis image;

我只选择蓝色进行分析

imb=im(:,:,3);
figure,imagesc(imb);axis image;

1) 模糊图像，因为模糊后 Blob 将具有局部 最大值/最小值位于其中心

sigma=7;
kernel = fspecial('gaussian',4*sigma+1,sigma);
im2=imfilter(imb,kernel,'symmetric');

figure,imagesc(im2);axis image;

2)使用分水岭变换来分离每个 Blob 区域

% L = watershed(im2);
L = watershed(max(im2(:))-im2);
[x,y]=find(L==0);

划清界限

figure,imagesc(im2),axis image
hold on, plot(y,x,'r.')

3) 在这里，我单独分析每个 Blob 并找到一个大津阈值 每个 Blob ，然后我检测 Blob 并合并所有检测

tmp=zeros(size(imb));

for i=1:max(L(:))
  ind=find(L==i);
  mask=L==i;
  [thr,metric] =multithresh(imb(ind),1);
  if metric>0.7
    tmp(ind)=imb(ind)>thr;
  end
end

消除一些噪音

tmp=imopen(tmp,strel('disk',1));
figure,imagesc(tmp),axis image

如果背景的对比度高于 Blob ，则无需在分水岭变换中反转图像。