r - 使用带有多个分隔符的 strsplit

Question

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R strsplit with multiple unordered split arguments?

(4 个回答)


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我该如何拆分这个

 Chr3:153922357-153944632(-)
 Chr11:70010183-70015411(-)   

进入

    Chr3  153922357 153944632 - 
    Chr11 70010183  70015411  -   

我试过 strsplit(df$V1,"[[:punct:]]")) ，但负号并没有出现在最终结果中

Answer 1

在基础 R 中使用 stringsplit 怎么样？和 gsub :

# Your sample strings
ss <- c("Chr3:153922357-153944632(-)",
        "Chr11:70010183-70015411(-)")

# Split items as list of vectors 
lst <- lapply(ss, function(x)
    unlist(strsplit(gsub("(.+):(\\d+)-(\\d+)\\((.)\\)", "\\1,\\2,\\3,\\4", x), ",")))


# rbind to dataframe if necessary
do.call(rbind, lst);
#    [,1]    [,2]        [,3]        [,4]
#[1,] "Chr3"  "153922357" "153944632" "-"
#[2,] "Chr11" "70010183"  "70015411"  "-"

这也适用于其他染色体名称和正链特征。