r - Kaplan-Meier 包括生存和移植数据

Question

我拥有的是使用 R 对机械心脏支持患者进行的 Kaplan-Meier 分析。

我需要的是将以下数据添加到图中(如示例中所示):

因心脏移植 (HTX) 而幸存的患者

死亡患者

换句话说，有两组，其中一组是另一组(所有患者)的子集(移植患者)。这两条曲线必须从 0/0 开始并且会增加。

我自己的情节是由:

pump <- read.table(file=datafile, header=FALSE,
                   col.names=c('TIME', 'CENSUS', 'DEVICE'))
# convert days to months
pump$TIME <- pump$TIME/(730/24)
mfit.overall <- survfit(Surv(TIME, CENSUS==0) ~ 1, data=pump)
plot(mfit.overall, xlab="months on device", ylab="cum. survival", xaxt="n")
axis(1, at=seq(from=0, to=24, by=6), las=0)

如何添加两条附加曲线？

亲切的问候
约翰

样本 Kaplan Meier 曲线:http://i.stack.imgur.com/158e8.jpg

演示数据:

生存数据，进入泵:

TIME    CENSUS  DEVICE
426     1       1
349     1       1
558     1       1
402     1       1
12      0       1
84      0       1
308     1       1
174     1       1
315     1       1
734     1       1
544     1       2
1433    1       2
1422    1       2
262     1       2
318     1       2
288     1       2
1000    1       2

发送数据:

TIME    CENSUS  DEVICE
426     1        1
288     1        2
308     1        1

死亡人数:

TIME    CENSUS  DEVICE
12      0        1
84      0        1

Answer 1

与 par(new=TRUE)您可以在与第一个图形相同的图形中绘制第二个图形。

通常我会推荐使用 lines()用于向绘图添加曲线，因为 par(new=TRUE)执行覆盖图的不同的任务。当以不打算使用的方式使用函数时，您可能会犯错误，例如我差点忘了重要的 xlim争论。然而，从 survfit 中提取曲线并非易事。对象，所以我认为这是两害相权取其轻的。

# Fake data for the plots
pump <- data.frame(TIME=rweibull(40, 2, 20),
                   CENSUS=runif(40) < .3,
                   DEVICE=rep(0:1, c(20,20)))
# load package
library("survival")

# Fit models
mfit.overall <-survfit(Surv(TIME, CENSUS==0) ~ 1, data=pump)
mfit.htx <- survfit(Surv(TIME, CENSUS==0) ~ 1, data=pump, subset=DEVICE==1)

# Plot
plot(mfit.overall, col=1, xlim=range(pump$TIME), fun=function(x) 1-x)
# `xlim` makes sure the x-axis is the same in both plots
# `fun` flips the curve to start at 0 and increase
par(new=TRUE)
plot(mfit.htx, col=2, xlim=range(pump$TIME), fun=function(x) 1-x,
    ann=FALSE, axes=FALSE, bty="n") # This hides the annotations of the 2nd plot
legend("topright", c("All", "HTX"), col=1:2, lwd=1)