r - 如何修复 R Shiny 中的 'Error: variable lengths differ (found for ' input$s')'

Question

我正在尝试制作一个简单的 Shiny ap 来创建 kaplan-meier 生存曲线，这些曲线通过用户所做的选择进行分层。当我对 KM 计算进行静态编码(使用列名 thorTr)时，它可以工作，但计算和绘图是静态的。当我用 input$s 替换时，我得到 ERROR:variable lengths different (found for 'input$s')

我试过查看其他使用 as.formula 和粘贴的代码，但我不明白并且无法开始工作。但我是 R 和 Shiny 的新用户，所以也许我没有做对。这是一个类似的 Shiny ap，但我想使用 survminer 和 ggsurvplot 进行绘图

library(shiny)
library(ggplot2)
library(survival) 
library(survminer)

#load data
data(GBSG2, package = "TH.data")


#Define UI for application that plots stratified km curves
ui <- fluidPage(

  # Sidebar layout with a input and output definitions
  sidebarLayout(

    # Inputs
    sidebarPanel(

      # Select variable strat
      selectInput(inputId = "s", 
                  label = "Select Stratification Variable:",
                  choices = c("horTh","menostat","tgrade"), 
                  selected = "horTh")

    ),

    # Outputs
    mainPanel(
      plotOutput(outputId = "km")
    )
  )
)

# Define server function required to create the km plot
server <- function(input, output) {

  # Create the km plot object the plotOutput function is expecting
  output$km <- renderPlot({

    #calc KM estimate with a hard coded variables - the following line works but obviously is not reactive
    #km <- survfit(Surv(time,cens) ~ horTh,data=GBSG2)

    #replaced hard coded horTh selection with the respnse from the selection and I get an error
    km <- survfit(Surv(time,cens) ~ input$s ,data=GBSG2)

    #plot km
    ggsurvplot(km)

  })

}

# Create a Shiny app object
shinyApp(ui = ui, server = server)

我希望有一个图来更新用户选择的分层变量

Answer 1

两件事情:

调用中的公式 survfit()需要明确定义。传递给 survfit() 的对象在原始代码中使用函数右侧的字符值。这会引发错误，我们可以通过将整个粘贴值转换为公式来解决该错误，即 as.formula(paste('Surv(time,cens) ~',input$s))

该公式需要在对 ggsurvplot() 的调用中定义以避免范围界定问题。这有点技术性，与 ggsurvplot() 的方式有关。被编程。基本上，ggsurvplot()无法访问在其自身调用之外定义的公式。

尝试更换

km <- survfit(Surv(time,cens) ~ input$s ,data=GBSG2)
ggsurvplot(km)

和

ggsurvplot(survfit(as.formula(paste('Surv(time,cens) ~',input$s)),data=GBSG2))