r - p.adjust 尊重整个数据框

Question

我有一个 p.value 数据框，每列都有变量名。

我的代码是sapply(pval,p.adjust,method="fdr")。

此代码返回基于每列调整的qvalue，这意味着p基于每列排名然后调整。

如何对整个数据帧进行fdr，即p在所有数据中排名？

Answer 1

这可能不是最有效的方法，因为它需要大量转换，但对于小数据帧应该没问题:

示例数据(假设 p 值的数据框):

set.seed(100)
pval <- data.frame(a=runif(100), b=runif(100))

现在为了计算调整后的 p 值，我使用了 magrittr 包，只是为了让它更容易阅读。您基本上可以使用嵌套函数:

library(magrittr)
pval %>% 
     as.matrix %>% 
     as.vector %>% 
     p.adjust(method='fdr') %>% 
     matrix(ncol=2)

基本上，通过上面的代码，您可以将 data.frame 转换为矩阵，然后转换为向量，然后根据所有值调整 p 值，然后重新构建矩阵。

上面的代码可以用 base R 写成:

matrix(p.adjust(as.vector(as.matrix(pval)), method='fdr'),ncol=2)