r - 将 Bam 文件转换为 CSV

Question

我有一个 bam 文件，有人知道如何将 bam 文件转换为 csv 文件吗？我正在尝试使用 R 软件打开 bam 文件，但我不确定如何从 bam 文件中获取变量，到目前为止我已经使用了下面提到的编码:

rm(list=ls())

#install bam packages
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Rsamtools",suppressUpdates=TRUE)
biocLite("RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14",suppressUpdates=TRUE)
biocLite("GenomicAlignments",suppressUpdates=TRUE)


#load library
library(Rsamtools)
library(RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14)
library(GenomicAlignments)
bamfile <- file.path("C:","Users","azzop","Desktop","I16-1144-01-esd_m1_CGCTCATT-AGGCGAAG_tophat2","accepted_hits.bam")
gal<-readGAlignments(bamfile)
gal
length(gal)
names(gal)

当我插入名称(gal)时，它给了我NULL，不确定它是否正确。

我想将bam转换为csv，这样读取数据会更容易

Answer 1

我建议将 BAM 转换为 BED，然后将 BED 文件读入 R。

您可以使用 bedtools 将 BAM 转换为 BED .

这个抽象代码应该可以工作:

bamfile <- "C:/Users/azzop/Desktop/I16-1144-01-esd_m1_CGCTCATT-AGGCGAAG_tophat2/accepted_hits.bam"
# This code line sends command to convert BAM to BED (might take some time)
system(paste("bedtools bamtobed -i", bamfile, "> myBed.bed"))
library(data.table)
myData <- fread("myBed.bed")

这里，我使用 data.table 包中的函数 fread 来快速读取数据。