r - 在 ggraph 中使用纬度/经度数据进行布局的问题

Question

我想弄清楚如何在 ggraph 中使用经纬度布局但似乎无法通过语法工作。考虑使用从 iris 修改的一些数据的这个 reprex数据集:

data <- structure(list(Sepal.Length = c(5.1, 4.9, 4.7, 4.6, 5, 5.4, 4.6, 
5, 4.4, 4.9, 5.4, 4.8), Sepal.Width = c(3.5, 3, 3.2, 3.1, 3.6, 
3.9, 3.4, 3.4, 2.9, 3.1, 3.7, 3.4), Lon = c(-122.683, -122.688, 
-122.686, -122.683, -122.678, -122.675, -122.674, -122.673, -122.676, 
-122.674, -122.677, -122.68), Lat = c(45.523, 45.52, 45.514, 
45.515, 45.513, 45.514, 45.517, 45.519, 45.519, 45.522, 45.524, 
45.521)), class = "data.frame", .Names = c("Sepal.Length", "Sepal.Width", 
"Lon", "Lat"), row.names = c(NA, -12L))

library(ggplot2)
library(igraph)
library(ggraph)

坐标位置的简单图如下所示:

ggplot(data, aes(x = Lon, y = Lat)) +
  geom_point(size = 6)

layout接受一个矩阵，所以我将在此处提取坐标并将其转换为矩阵:

spatial_layout <- layout.norm(as.matrix(data[,c(3,4)]))

然后转data进入 igraph 对象:

igraph_data <- graph_from_data_frame(data)

如果我用基本的 plot.igraph 绘图布局符合预期；每个点的空间坐标:

plot.igraph(igraph_data, layout = spatial_layout)

现在这是我遇到问题的地方。我宁愿使用 ggraph利用ggplot2的力量.但是我不确定如何让它接受空间布局。这不起作用:

ggraph(igraph_data, spatial_layout) +
  geom_edge_link() +
  geom_node_point(color = "black", size = 9, pch = 1) +
  geom_node_text(aes(label = name))

Error in create_layout.igraph(graph, layout, ...) : Unknown layout

也不会尝试创建自定义布局:

create_layout(data, layout = "spatial_layout")

Error in create_layout.default(data, layout = "spatial_layout") :
No layout function defined for objects of class data.frame

手动将经纬度数据添加到 igraph 对象似乎也不起作用:

igraph_data$layout=cbind(E(igraph_data)$Lon,E(igraph_data)$Lat)
ggraph(igraph_data) +
  geom_edge_link() +
  geom_node_point(color = "black", size = 9, pch = 1) +
  geom_node_text(aes(label = name))

Using nicely as default layout Error in data.frame(..., check.names = FALSE) : arguments imply differing number of rows: 12, 17

所以最终我的问题是如何将空间数据添加到 ggraph布局？显然我在这里遗漏了一些东西，但我似乎无法找出正确的方法。

Answer 1

我们可以使用 ggraph::create_layout 进行等效的手动布局。 .但首先，我们需要使空间坐标的数量与我们传递的图中的顶点数量相匹配。看起来像 plot.igraph正在默默地回收您的原始布局。

# must have columns named x and y
data2 <-  data.frame(x = rep(spatial_layout[,1], length.out = 17),
                     y = rep(spatial_layout[,2], length.out = 17))

然后使用 ?layout_igraph_manual 的帮助页面作为后续参数名称的指南。

manual_layout <- create_layout(graph = igraph_data,
              layout = "manual", node.positions = data2)

注意:我提出警告 Error: 'layout_igraph_manual' is not an exported object from 'namespace:ggraph'当我直接调用函数时。

然后我们就可以把它插到原来的了:

ggraph(manual_layout) + 
    geom_edge_link() +
    geom_node_point(color = "black", size = 9, pch = 1) +
    geom_node_text(aes(label = name))

默认情况下，轴限制不相同，但这是一个很小的 ​​+ xlim(-2.5,2.5)#ish调整。