R:居中heatmap.2键(gplots包)

Question

我想通过heatmap.2()命令使用以0为中心的颜色键创建一个热图(即白色-> 0，红色->大于0，蓝色->小于0)，同时保持scale = “无”，因为我有兴趣绘制实际值的热图。但是，使用以下代码行后，我所有的热图都不以零为中心:

library(gplots)
outputHeatmap <- heatmap.2(heatmapInputActual, dendrogram="none", Rowv=FALSE,
    Colv=FALSE, col= bluered(256), scale="none", key=TRUE, density.info="none", 
    trace="none", cexRow=0.125, cexCol=0.125, symm=FALSE, symkey=TRUE)

我以为使用命令symkey = TRUE可以工作，但是不行。我正在尝试制作热图的变量是一个(n x 3)数值矩阵。上述对heatmap.2()命令的输入有问题:

8.408458  5.661144   0.00000000
4.620846  4.932283  -0.46570468
-4.638912 -3.471838  -0.12146109
-4.822829 -3.946024   0.06403327
3.948832  4.520447  -0.31945941

感谢您的时间。我期待着您的答复。

Answer 1

解决方案似乎只是在您的symbreaks中添加heatmap.2。这是数据的完全可重现的示例:

library(gplots)
#read your example data
heatmapInputActual <- read.table(textConnection(
"8.408458 5.661144 0.00000000
4.620846 4.932283 -0.46570468
-4.638912 -3.471838 -0.12146109
-4.822829 -3.946024 0.06403327
3.948832 4.520447 -0.31945941
"),as.is=TRUE)
#convert sample data to matrix
heatmapInputActual <- as.matrix(heatmapInputActual)
#just add symbreaks to the end of your code
heatmap.2(heatmapInputActual, dendrogram="none", Rowv=FALSE, Colv=FALSE, 
          col = bluered(256), scale="none", key=TRUE, density.info="none", 
          trace="none", cexRow=0.125, cexCol=0.125, symm=F,symkey=T,symbreaks=T)