r - ggplot2:使用带有 facet_grid 的 geom_dotplot 时没有自由轴比例

Question

我一直在尝试使用 facet_grid 生成一系列点图。这样做时，我注意到 geom_dotplot 似乎没有响应 facet_grid 的 scales = "free_y"参数。

下面是一些示例代码:

require(ggplot2)

#Example data
set.seed(3)
df = data.frame(Gene = rep(c("a", "b", "c", "d"), each=20),
                ToD = rep(c("Morning", "Evening"), times = 40),
                Expression = c(runif(20, min=0, max=10),
                               runif(20, min=0, max=1),
                               runif(20, min=0, max=1000),
                               runif(20, min=0, max=100)))

#Box plots of example data
ggplot(df, aes(x = ToD, y = Expression)) +
    geom_boxplot() +
    facet_grid(Gene ~ ., scales = "free_y")

#Dot plots of example data
ggplot(df, aes(x = ToD, y = Expression)) +
    geom_dotplot(binaxis = "y", stackdir = "centerwhole") +
    facet_grid(Gene ~ ., scales = "free_y")

这是我目前使用的 R 和 ggplot2 版本:

R 版本 3.2.2 (2015-08-14)

ggplot2_1.0.1.9003

因此，当我生成箱线图时，一切都按预期工作，y 轴为每个分面行适当缩放:



但是，点图为每个分面行保持相同的 y 轴比例:



我读过 ggplot2 中的一个已知错误，其中 coord_flip 和 facet_grid 在指定自由比例时不能一起工作。这与同样的问题有关吗？

虽然我可以单独生成每个图，然后将它们与 grid.arrange 结合，但这对我来说很麻烦。我正在尝试将这些点图与其他多面图对齐，并且我想避免也需要使用 grid.arrange 重新生成所有这些点图。有什么想法吗？

感谢您提供的任何帮助，如果我能提供任何进一步的说明，请告诉我。

Answer 1

我一直在阅读文档 ?geom_dotplot .显然， binpositions-option 可以设置为“all”(所有数据放在一起)或“bygroup”；默认值。因此，将 Gene 用作组和面，binpositions 可以变化，至少返回自由 y 轴:

ggplot(df, aes(x = ToD, y = Expression, group=Gene)) +
  geom_dotplot(binaxis = "y", stackdir = "centerwhole", binpositions="bygroup") +
  facet_grid(Gene ~ ., scales = "free_y")

但现在 x 轴上的分组消失了。可能有更好的解决方案，但通过 Gene 和 ToD 之间的交互分组似乎可以解决它:

 ggplot(df, aes(x = ToD, y = Expression, group=interaction(Gene,ToD))) +
  geom_dotplot(binaxis = "y", stackdir = "centerwhole", binpositions="bygroup") +
  facet_grid(Gene ~ ., scales = "free_y")