r - 从动态 Shiny Markdown 创建静态报告

Question

我有一个 shiny markdown我有几个数字的应用程序，比如一周中的不同天数。在这些数字上方是一个文本区域，我在其中写了一些评论。

我希望能够将此报告导出到 static markdown格式。

我在下面展示了一个(主要是)可重现的例子，第一部分是我想要编辑的代码，以便它在单独的文件中从第二部分创建代码。

---
title: "WEEKLY REPORT"
runtime: shiny
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = F)
```

```{r header, echo=FALSE}
selectInput("x", label = "x",choices = 1:10,width="100%")
actionButton("button", "Export report")
```

## Monday

```{r monday}
textAreaInput("mon", label = NULL)
renderPlot({
plot(log(1:input$x))
})
```

## Tuesday

```{r tuesday}
textAreaInput("tue", label = NULL)
renderPlot({
plot(sin(1:input$x))
})
```

如何编辑它以便操作按钮创建一个新的 Rmd 文件，其中包含以下代码(或将创建类似输出的 Rmd 文件)？ (将 png url 更改为任何现有文件以使其可重现)。

---
#  title: "WEEKLY REPORT"
output: html_document
---

## Monday

The text I would have put on the first box

![](plot_monday.png)    

## Tuesday

The text I would have put on the second box

![](plot_tuesday.png)

所以基本上输入选择器必须去，文本区域需要更改为标准文本(可能包含 Markdown )，并且必须将绘图导出为相关输入的图片文件，然后作为图片插入返回告中。

理想情况下，我还希望能够将星期一和星期二导出到不同的 Rmd 文件中。

Answer 1

我认为最简单的方法是使用报告模板并将输入作为参数传递。

因此，您在与 Shiny 报告相同的目录中创建了一个文件名为“sampleRmdReport.Rmd”的新报告，其内容如下:

---
title: "Weekly Report"
author: "Moody_Mudskipper"
date: '`r format(Sys.Date(),"%Y-%B-%d")`'
output: html_document
params:
  mondayText: "holder"
  tuesdayText: "holder"
  x: "holder"
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE, results = "asis")
```
# Monday

```{r}
cat(params$mondayText)
```

```{r}
plot(log(1:params$x))
```

# Tuesday

```{r}
cat(params$tuesdayText)
```

```{r}
plot(sin(1:params$x))
```

然后，将以下内容添加到您的 Shiny 报告中:

Download the weekly report:

```{r}
downloadHandler(
  filename = function(){
    paste0("weeklyReport_generated_"
           , format(Sys.Date(), "%Y%b%d")
           , ".html")
  }
  , content = function(file){
    rmarkdown::render(input = "sampleRmdReport.Rmd"
                      , output_file = file
                      , params = list(mondayText = input$mon
                                      , tuesdayText = input$tue
                                      , x = input$x
    ))
  }
  , contentType = "text/html"
)

```

制作完整文件:

---
title: "WEEKLY REPORT"
runtime: shiny
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = F)



```

```{r header}
selectInput("x", label = "x",choices = 1:10,width="100%")
```

Download the weekly report:

```{r}
downloadHandler(
  filename = function(){
    paste0("weeklyReport_generated_"
           , format(Sys.Date(), "%Y%b%d")
           , ".html")
  }
  , content = function(file){
    rmarkdown::render(input = "sampleRmdReport.Rmd"
                      , output_file = file
                      , params = list(mondayText = input$mon
                                      , tuesdayText = input$tue
                                      , x = input$x
    ))
  }
  , contentType = "text/html"
)

```




## Monday

```{r monday}
textAreaInput("mon", label = NULL)

renderPlot({
  plot(log(1:input$x))
})


```


## Tuesday

```{r tuesday}
textAreaInput("tue", label = NULL)

renderPlot({
  plot(sin(1:input$x))
})
```

然后，单击“下载”按钮将生成报告并提示用户下载。请注意，如果您在 RStudio 中进行测试，文件名将不起作用。我建议在浏览器中打开它进行测试。

然后，如果您希望能够生成单独的每日报告，只需为您想要的报告添加一个模板，并为每个报告添加一个下载按钮。或者，您可以制作您的 downloadHandler每天生成一份报告(从模板中)，并将它们放在一个压缩目录中以供下载。

(注意:我倾向于发现这在 Shiny App 中比在 Markdown 文档中更灵活，特别是因为它允许更多地控制下载按钮。根据您的用例，可能值得考虑将其作为一种方法。)

根据评论，这是一个可以上传到 Imgur 并以这种方式插入图像的版本。用这个替换另一个模板或添加第二个按钮。请注意，我没有使 imgur 上传功能工作，因为我没有 API key (我假设您有，因为您打算这样做)。

---
title: "Weekly Report"
author: "Moody_Mudskipper"
date: '`r format(Sys.Date(),"%Y-%B-%d")`'
output:
  html_document:
    self_contained: false
params:
  mondayText: "holder"
  tuesdayText: "holder"
  x: 1
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE, results = "asis")
library(ggplot2)
tempDir <- tempdir()

uploadImgur <- function(fileName){
  # This function would need to upload with the Imgur API
  # I don't have a key, and don't want to set one up
  # for this example.

  # It would return the url that imgur assigns the image
  # here, I am using a placeholder
  outUrl <- "https://i.imgur.com/WsUV4DK.gif"

  return(outUrl)
}
```

# Monday

```{r}
cat(params$mondayText)
```


```{r}
tempPlot <-
  ggplot(mapping = aes(x = 1:params$x
                       , y = log(1:params$x))) +
  geom_point() +
  xlab("X") +
  ylab("Y")

tempFile <- tempfile("plot_", tempDir, ".png")
ggsave(tempFile, tempPlot, width = 4, height = 4)

imgurURL <- uploadImgur(tempFile)

cat("![](", imgurURL,")", sep = "")
```



# Tuesday

```{r}
cat(params$tuesdayText)
```


```{r}
tempPlot <-
  ggplot(mapping = aes(x = sin(1:params$x)
                       , y = log(1:params$x))) +
  geom_point() +
  xlab("X") +
  ylab("Y")

tempFile <- tempfile("plot_", tempDir, ".png")
ggsave(tempFile, tempPlot, width = 4, height = 4)

imgurURL <- uploadImgur(tempFile)

cat("![](", imgurURL,")", sep = "")

```